在一定的色譜操作條件下（例如：當(dāng)流速、溫度一定時(shí)），是固定相的結(jié)構(gòu)決定了化合物的相對保留（出峰順序），色譜分離的過程和化合物流出色譜柱的時(shí)間。如果任意兩個(gè)化合物流出色譜柱所需的時(shí)間相同，則它們無法得到分離。如果它們能夠得到分離，固定相對他們的保留程度不同，流出色譜柱的時(shí)間也不同。

固定相的極性

我們通常依據(jù)極性來挑選色譜柱。極性是固定相的一個(gè)整體性質(zhì)，它是由固定相的結(jié)構(gòu)決定的。固定相的極性并不會直接影響分離的獲取，但會對色譜柱特性產(chǎn)生各種影響。一些重要的色譜柱特性有：柱壽命、溫度限制、流失水平和樣品容量。直接影響分離的是固定相的選擇性，它與固定相極性的概念?；煊?，這樣并不準(zhǔn)確但較為普遍。

固定相的選擇性

與極性相同，固定相的選擇性也是由其結(jié)構(gòu)決定的，但目前對其的理解還尚不完全，也不容易解釋與描述。簡單來說，選擇性就是固定相分辨兩種化合物的物理或化學(xué)性質(zhì)細(xì)小差別的能力。從固定相的角度來看，只要兩種化合物的性質(zhì)之間具有可辨別的細(xì)微差別，那么固定相和它們之間的相互作用便不同。如果作用力的區(qū)別較為明顯，則其中一個(gè)化合物的保留程度勢必更強(qiáng)，則分離發(fā)生。但如果，某一特定的固定相無法辨別化合物之間性質(zhì)上的差異，即便它們的結(jié)構(gòu)不同，則仍無法得到分離。

固定相與待測物的一些性質(zhì)如：極性、溶解性、偶極大小和氫鍵結(jié)合能力等共同影響了選擇性。在很多情況下，都不是單一的因素在起作用，所以通常都存在多重選擇性影響。而且，很多的化合物性質(zhì)如氫鍵或偶極強(qiáng)度比較難以測定。這也就使得準(zhǔn)確預(yù)測和解釋化合物在色譜柱上的保留或分離是十分困難的。

不過，一些一般性的規(guī)律還是可以遵循的。所有的固定相都有與極化率相關(guān)的相互作用，極性較強(qiáng)的物質(zhì)一般保留也會增加。對于甲基和苯基取代的聚硅氧烷類固定相，這是它們唯一重要的相互作用。物質(zhì)在固定相中的溶解性也會影響保留，溶解性越強(qiáng)則保留越強(qiáng)。聚乙二醇類和氰丙基取代的聚硅氧烷類固定相具有很強(qiáng)的偶極和氫鍵特性。三氟丙基取代的聚硅氧烷類固定相則具有中等的偶極特性。